Fue el único equipo peruano que ha logrado títulos internacionales como la Copa Sudamericana y la Recopa, frente a los argentinos River Plate y Boca Juniors, escribiendo con ello la pagina mas gloriosa de su historia, pero debido a la pésima administración del club por parte del cacique vitalicio Juvenal Silva, ahora está sumida en una de las peores crisis: sin dinero, sin cancha de entrenamiento, jugadores abandonados a su suerte y por si fuera poco, a punto de perder la categoría. Dilapidaron todo lo que ganaron y hoy no tienen nada ya que ni siquiera el estadio Garcilaso es suyo, sino que pertenece al IPD. Pero ¿quién es el culpable de ésta dramática situación?. Francesco Manassero, Presidente de la Agremiación de futbolistas, no vaciló en responsabilizar a Juvenal Silva de no saber aprovechar los buenos ingresos que se obtuvo tras las conquistas internacionales y que prefirió gastárselo a su antojo como si fuera suyo, jugando en los casinos de Lima, donde se evaporo rápidamente, para felicidad tanto de los arequipeños del Melgar FBC , como de sus acérrimos rivales del Garcilaso, quienes ya están celebrando por adelantado su caída .Lo más probable es que regresen a la liga del Cuzco en breve, lugar que corresponde para un equipo de su nivel ¿Que paso con aquello de convertirlo en sociedad anónima? Fue otra mentira más de ese cacique de Juvenal quien en realidad se opuso a la posibilidad que el grupo Oviedo - que ya controla el Juan Aurich de Chiclayo - tome la administración del club ¿Hasta cuando se va a permitir que este pseudo-dirigente continúe haciendo de Cienciano su botín? hoy el club esta quebrado y virtualmente en segunda división ¿volverá alguna vez o desaparecerá como muchos equipos sumidos en el olvido? Solo el tiempo lo dirá :(
